Agarose Gel Electrophoresis
Agarose gel 전기영동은 DNA를 크기별로 (예: 염기쌍의 길이) 분류하는 데 사용된다.
전기영동은 전기장을 사용하여 음전하(-)를 띤 DNA를 Agarose gel 매트릭스를 통해 양극(+) 쪽으로 이동시킨다.
짧은 DNA 조각은 긴 DNA 조각보다 젤을 통해 더 빨리 이동한다. 따라서 DNA ladder (Marker, 알려진 길이의 DNA 조각 모음)와 함께 전기영동을 하면 샘플 DNA 조각의 대략적인 길이를 결정할 수 있다.
실험기구
Casting try
Well combs
Voltage source
Gel box
UV light source
Microwave
시약
TAE buffer (50x stock, 1 L) 레시피
| Tris-base | 242 g |
| Acetate(100% acetic acid) | 57.1 ml |
| EDTA | 100 ml 0.5M sodium EDTA |
| dH2O | Up to 1 L |
Agarose
DNA samplesDNA ladder (marker)
Loading buffer
Ethidium bromide (EtBr, stock concentration of 10 mg/mL)
실험방법
- 1% agarose gel을 준비한다. (agarose 1 g을 1xTAE 100 mL에 넣고 잘 섞어준다)
- Agarose가 완전히 용해될 때까지 1-3분 정도 전자레인지에 돌린다.
- Agarose 용액을 약 50도까지 식힌다.
- (선택사항) EtBr 2-3 uL을 100 mL agarose 용액에 넣는다. (*EtBr은 DNA에 결합하여 UV light에서 DNA를 시각화 할 수 있게 해준다) - agarose 용액에 EtBr을 넣지 않을 경우, 전기영동이 모두 끝난 후 staining 하면 된다.
- 식힌 agarose 용액을 comb가 끼워진 gel casting tray에 붓는다.
- agarose 용액이 고체화 될때까지 4도에서 10-15분 또는 실온에서 20-30분 식힌다.
- DNA 샘플을 loading buffer에 준비한다. (*loading buffer를 사용하면 전기영동이 얼마나 진행되었는지 쉽게 확인할 수있다)
- Agarose gel을 gel box에 세팅한 후, DNA 샘플과 marker를 로딩시킨다. (*첫번째 라인에 DNA ladder (marker)를 로딩하면 샘플 DNA의 사이즈를 확인하기가 쉽다.)
- 샘플이 75-80% 로딩될때까지 80-150 voltage로 전기영동한다. (대략 1시간 소요)
- Agarose 용액에 EtBr을 넣지 않을 경우, gel을 staining buffer (5uL EtBr + 100 mL 1xTAE buffer)에 잠길 정도로 넣고 20-30분 교반해준다. EtBr 용액을 물로 교체해 준 후 5분 더 교반해준다.
- 전기영동이 끝나면, UV light으로 DNA 밴드를 확인한다.
참고자료
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